A pesar de que a muchos nos gustaría que la mayoría de los cuerpos de agua presentaran una buena calidad de agua, la realidad es que el hombre ha ido introduciendo modificaciones para poder utilizar el agua para su provecho y que han llevado a la alteración de la calidad natural del agua. Esto hace que no sea parcial o totalmente adecuada para la aplicación o uso que se destine, por consiguiente, un agua puede resultar contaminada para un cierto uso pero puede ser perfectamente aplicable a otro; de ahí que se fijen criterios de calidad de agua según los usos.

La calidad del agua tradicionalmente se han medido a través de parámetros físico-químicos, los que actúan como una "fotografía" del momento medido, entregando características inmediatas sobre el ecosistema y no una visión de las variaciones en el tiempo.

Otra alternativa son los indicadores biológicos conocidos como "bioindicadores", los que presentan ventajas más amplias y estables a través del tiempo, y nos entregan una gama compleja de cualidades del medio en el cual se desenvuelven (tipo de sustrato, temperatura, oxigeno disuelto, pH del agua, etc.). Esto nos permite estudiar cambios temporales causados por las perturbaciones ya que los cambios en la estructura comunitaria, o la presencia/ ausencia de especies indicadoras expresa un efecto actual o pasado sobre el sistema.

Estas ventajas entre tantas que presentan los indicadores biológicos debiera incitar a todas los profesionales e instituciones que trabajan en el área medio ambiental en darle mayor importancia sobre todo en evaluaciones de impacto ambiental a este parámetro biológico.

El concepto de bioindicador aplicado a la evaluación de calidad de agua, es definido como: "especie" (o ensamble de especies) que posee requerimientos particulares con relación a uno o un conjunto de variables físicas o químicas, tal que los cambios de presencia/ausencia, número, morfología o de conducta de esa especie en particular, indique que las variables físicas o químicas consideradas, se encuentran cerca de sus límites de tolerancia" (Rosenberg & Resh 1993).

La literatura señala como los mejores indicadores los que ofrecen las siguientes ventajas:

-Se encuentran en prácticamente en todos los sistemas acuáticos, por lo que favorecen estudios comparativos.

-Su naturaleza sedentaria, que permite un efectivo análisis de los efectos de perturbaciones.

-Presentan un largo periodo de permanencia en el agua, lo cual permite estudiar cambios temporales.

-Son sensibles a perturbaciones y estos los hace responder rápidamente.

-La disponibilidad de métodos e índices para el análisis de datos, los que han sido validados en diferentes ríos del mundo.

Los macroinvertebrados han sido los más utilizados como bioindicadores, por presentar las características anteriores, aunque se debe tener en cuenta que presentan inconvenientes tales como:

-Los muestreos cuantitativos requieren de un gran número de réplicas, lo que puede resultar en problemas de costos y tiempo (gran esfuerzo de trabajo de laboratorio).

-Pueden existir otros factores independientes a la calidad del agua que afectan la distribución y abundancia (e.g. perturbaciones por cambios de caudales manejados artificialmente, catástrofes naturales por inundación, etc.).

-Las variaciones estacionales pueden complicar las interpretaciones o comparaciones.

-La disposición de algunos invertebrados a derivar les proporciona algunas ventajas sobre aquellos menos móviles.

-Ciertos grupos no son bien conocidos taxonómicamente (con carencia de especialistas locales como es el caso en Chile).

-Los macroinvertebrados bentónicos no son siempre sensibles a ciertas perturbaciones como patógenos humanos y cantidades trazas de algunos contaminantes (Figueroa, 2004).

Es muy amplia el conjunto de organismos indicadores pero la gran mayoría pertenecen a los niveles más bajos de la cadena trófica ya que de estos depende la continuidad del resto de organismos.

Se pueden diferenciar dos grandes grupos de bioindicadores los pertenecientes al reino de las plantas y los del reino Animal.

En general las plantas son utilizadas para medir (por ejemplo):

Las masas de agua eutróficas tienen un alto nivel de productividad y de biomasa en todos los niveles tróficos; tienen aguas profundas pobres en oxigeno y un crecimiento intenso de las plantas acuáticas.

En contraste, la ausencia de grandes cantidades de algas indican la oligotrofía del cuerpo de agua. Sistemas oligotróficos, poseen concentraciones bajas de nutrientes, poseen mayor diversidad en las comunidades de plantas y animales, un bajo nivel de productividad primaria y de biomasa y una buena calidad del agua para distintos usos.

Existen especies hidrofílicas que pueden indicar grados de contaminación, ya que son capaces de acumular en sus tejidos importantes cantidades de metales pesados incluidos elementos radioactivos por lo que resultan importantes en el proceso de descontaminación del medio acuático en que viven especialmente en aquellos efluentes que reciben material de uso industrial o domestico.

En términos generales los más usados pertenecen a la clase Insecta. En esta clase se encuentran diversos ordenes que sirven de bioindicadores tanto de oligotrofia como de eutroficación, así como de otros tipos de contaminación.

Es importante considerar que existen métodos e índices que se han desarrollado para estimar la calidad de las aguas (mas arriba hay un trabajo que se puede ver al respecto). No todas las familias de un mismo orden son igual de buenas indicadoras de calidad. Por ejemplo, algunas familias de Plecoptera no son indicadoras de igual calidad de aguas que otras. Además los indices aplicables a ríos no son iguales que los aplicables a humedales. (Como ejemplo los Chironomidae son indicadores de pobre calidad en ríos, pero de buena calidad en humedales).

Algunos ejemplos de familias de los ordenes mencionados más arriba, utilizados como indicadores de buena calidad de las aguas: