Debido al desarrollo de mucho proyectos que intervienen y potencialmente pueden afectar la calidad ambiental de un ecosistema, en la actualidad el término biomonitoreo va cobrando cada vez mayor relevancia para poder determinar el grado de intervención en el ambiente. Principalmente los monitoreos ambientales abarcaban aspectos Fisico-Quimicos, sin embargo el aspecto biológico ha ido adquiriendo cada vez mayor importancia, debido principalmente a que son los organismos que habitan el sistema los que se ven mayoritariamente afectados. En este contexto, el biomonitoreo ofrece herramientas que permiten detectar compuestos tóxicos mediante el estudio de los organismo que habitan en el lugar.

En los sistemas de aguas continentales, los organismos que han sido ocupados durante más de un siglo son los macroinvertebrados, los cuales a través de índices biológicos nos permiten evaluar y determinar la calidad de las aguas. Lo importante es que nos entrega información pasada y presente del sistema de interés (en evaluación), debido a que se puede apreciar el efecto y la magnitud de la intervención realizada, cosa que monitoreos del tipo Fisico-Quimico no siempre pueden revelar. Así, por ejemplo, si en una zona determinada de un río se encuentran valores altos de oxígeno, poca turbiedad, bajo color y baja conductividad (es decir, buenos parametros fisicos-químicos), pero la fauna encontrada está dominada por oligoquetos, moluscos y quironómidos (esto es organismos indicadores de regular a mala calidad del agua), el diagnóstico revela que en dicho sitio prevalecen la mayor parte del tiempo condiciones de extrema contaminación y que probablemente los momentos de alta oxigenación que puedan ocurrir son fugaces e insuficientes para provocar cambios significativos en la estructura de la comunidad. Estas condiciones se dan, por ejemplo, después de una fuerte lluvia, en que el agua se oxigena por la dilución y la turbulencia. Como podemos apreciar, una persona experimentada en reconocer a simple vista todos estos organismos en el campo, luego de pocos minutos y trás levantar algunas rocas y troncos sumergidos, además de observar características como el color y olor de las aguas, puede con certeza dar un diagnóstico rápido acerca de la calidad del agua. En otras palabras, al igual que un medico que a través de los sintomas del paciente puede afirmar con relativa seguridad un diagnóstico, el especialista reconoce si el ecosistema está perturbado o no, pudiendo aplicar las medidas pertinentes para su recuperación.

Por definición EL BIOMONITOREO (bio = vida ; monitoreo = seguimiento en el tiempo de ciertas condiciones de interés) es un conjunto de técnicas basadas en la reacción y sensibilidad de distintos organismos vivos a diversas sustancias contaminantes presentes en un ecosistema. En otras palabras, es la evaluación de los efectos de una sustancia perturbadora que afecta negativamente sobre distintos organismos. Estos organismos son empleados como indicadores biológicos de la toxicidad y/o perturbación por parte de un compuesto (por ejemplo un aumento en la temperatura del agua) y que se mide a través de diferentes índices biológicos.