Una vez recorrida la zona y localizados los diferentes microhábitats, se procede a muestrear la zona más representativa del tramo escogido (el cual debe ser ambiente de rápidos someros) con una red de surber de 300 µm o 500 µm de luz de malla; esta red se utiliza a contracorriente para recibir los residuos al limpiar los sustratos que están dentro del área delimitada por el instrumento, estas áreas pueden variar, pero generalmente las más utilizadas son de 30* 30 cm., o bien, de 50* 50 cm.

Limitaciones: Técnica limitada a ambiente de rápidos donde el surber se pondrá a contra corriente.

El muestreo se realiza en un tramo de 100 mts., se identifican todos los microhábitats, luego se realiza un mapa esquemático de ellos tratando de representar el área que ocupan dentro del tramo (en % por ejemplo), según este resultado se asignan diferentes tiempos proporcionales de muestreo a cada microhábitats con un total de 3 minutos (donde 3min=100% y el area x es el x%). El muestreo se ejecuta removiendo el sustrato con la mano o el pie, de forma que los sedimentos que se encuentran en el fondo del río queden en suspensión en la columna de agua, así, con un movimiento zigzagueante de la red colocada a contracorriente todo el material removido entre en ella.

El tramo de río evaluado deberá tener una longitud aproximada de 100 mts. Se realizará un recorrido visual a lo largo del tramo a muestrear y se identificarán los diferentes hábitats para macroinvertebrados presentes: zonas lóticas o leníticas, con macrófitos o no, con raíces o con diferentes tipos de sustratos: arena, limo, etc.

A continuación se muestrearán todos los hábitats presentes con una red de mano de 300 µm de luz de malla y una boca de entrada de unos 30 cm. de diámetro. El muestreo se realizará colocando la malla a contracorriente y removiendo el sustrato aguas arriba de la manga con la mano o el pie, realizando un movimiento zigzagueante con la red para que todo el material removido entre a través de ésta. Las piedras deben limpiarse bien dentro de la red o en una batea por ambas caras, así como troncos, raíces, masas de algas, etc.

Se proponen dos protocolos de identificación dependiendo de si se está muestreando una estación de referencia o no. En caso del muestreo de una estación de referencia se realiza un mayor esfuerzo en la identificación de los taxones, ya que se prevé que estas localidades serán muchos más diversas que las de "no referencia". Además, en estas localidades, se propone la toma de datos de abundancia relativa en laboratorio, para un posible posterior tratamiento de los datos.

Para las "Estaciones de no referencia", en el campo se toma una batea blanca de plástico y se llena de agua. El contenido de las redadas se deposita en la batea asegurándose de que no queda ningún individuo adherido a la red. Se capturan los diferentes taxones con ayuda de unas pinzas finas o un aspirador entomológico y se van identificando a medida que se localizan en la batea. Los taxones que son dudas y que quedan sin identificar se introducen en un vial con alcohol de 70º. Y el material revisado de la batea es devuelto al río.

Para las "Estaciones de referencia", se procede igual que en el caso anterior pero de cada taxón nos aseguramos capturar al menos de 1-3 individuos, que se introducen en un vial con alcohol de 70º. Todo el material sobrante después de las redadas se introduce en una bolsa hermética de plástico y se fija con Formol al 4 %. En el laboratorio se submuestrea separando 200 individuos al azar y se revisa la muestra por si algún taxón escaso o críptico no se hubiera detectado en el submuestreo y además hubiese escapado al muestreo de campo. De esta forma se puede obtener sumando los animales separados en campo y los separados en laboratorios un dato semicuantitativo que nos permita calcular las abundancias relativas de los distintos taxones.

Para el cálculo del índice se suman las puntuaciones parciales que se obtienen de la presencia de cada familia y de esta forma se obtiene la puntuación global del punto de muestreo. Si en el tramo aparecen más de un individuo de una familia esta sólo puntuará una vez (Jáimez-Cuéllar et al., 2002).

- Las técnicas no se deberán aplicar inmediatamente después de una crecida, ni inmediatamente después de un periodo en que el cauce haya estado seco. En ambos casos debe esperarse al menos un mes antes de realizar el muestreo.

- El muestreo se realiza desde aguas abajo hacia aguas arriba del tramo para evitar que la perturbación haga huir a los animales.

- Para evitar que al colmatarse la red la corriente ayude a los animales a escapar se debe vaciar a menudo el contenido de ésta en bateas de plástico blanco.

- Entre distintos puntos de muestreo se han de lavar bien las bateas y las redes para evitar llevar individuos de unos puntos de muestreo a otros.

- Dada la elevada toxicidad del formol, la muestra se puede conservar igualmente en alcohol de 70º-96º. En este último caso el volumen de fijador en el bote ha de ser mucho mayor y la muestra no se podrá conservar por mucho tiempo en el laboratorio (Jáimez-Cuéllar et al., 2002).