El ambiente fluvial posiblemente es el ambiente más importante de la tierra firme. La vida de un río desde su manantial hasta la desembocadura es un sistema altamente complejo con un sinnúmero de fenómenos, factores y dependencias. El ambiente se define por la acción de agua en movimiento, por la energía del agua y por el conjunto de erosión, transporte y sedimentación en el mismo ambiente. Además los sistemas fluviales dependen fuertemente de las condiciones climáticas (precipitación, escorrentía y temperatura). Los ríos siempre están en cambios por factores estacionales, relacionados con el clima del área biogeográfica donde se encuentran, también a cambios del mediano y largo plazo.

Los ríos constituyen sistemas abiertos y básicamente heterotróficos. El material que procede de las orillas del río, es el aporte más importante de energía al sistema. Un ecosistema fluvial posee una enorme superficie de interacción con los ecosistemas terrestres.

La materia orgánica es aquélla que se forma a partir de elementos vivos o muertos, de plantas y animales presentes en aguas naturales (en estado natural o sin tratar), como por ejemplo en lagos, ríos y embalses.

Materia orgánica particulada: cuando lleva mas de un mes en suspensión.

Materia orgánica particulada gruesa (MOPG): forma gran parte de la entrada de energía. Son partículas de > 1 mm, como hojas y restos de maderas caídas de la vegetación de ribera.

Materia orgánica particulada fina (MOPF): son partículas < de 1mm como fragmentos de hojas, heces de invertebrados y precipitados de materia orgánica anteriormente disuelto coloidal (MOD).

Principalmente existen cuatro diferentes modos de transportar partículas en el río

• En solución: como iónes Na⁺, Cl-, K+, Ca²⁺ 
• En suspensión: Partículas pequeñas flotantes
• En saltación: Partículas medianas 
• En Tracción: Partículas grandes

Después de precipitaciones fuertes se aumenta la cantidad, la velocidad y la energía del agua y en el agua flotan un sin numero de partículas pequeñas.

El transporte de materia orgánica en suspensión en las corrientes y ríos cuando son partículas finas mantenidas en suspensión por los remolinos de la corriente y sólo se asientan cuando la velocidad de la corriente disminuye, o cuando el lecho se hace más liso o la corriente descarga en un pozo o lago. También dando rebotes o saltos, a veces tocando el fondo y a veces avanzando en suspensión hasta que vuelven a caer al fondo. A este movimiento se le denomina saltación y es una parte muy importante del proceso de transporte por el viento; en la corriente líquida la altura de los saltos es tan reducida que no se distinguen realmente del arrastre de fondo.

En las aguas corrientes viven una gran variedad de organismos que constituyen sus comunidades animales y vegetales. Dos características merecen ser especialmente destacadas: la primera es que tales comunidades se desarrollan fundamentalmente asociadas al fondo de los ríos y la segunda es que existe una gran variedad de organismos, producto de la enorme heterogeneidad del medio, que alberga una importante diversidad de microhábitats.

Las comunidades vegetales están integradas por el fitoplancton, el perifiton y las macrofitas, y las comunidades animales están representadas fundamentalmente por el macrobentos y las comunidades de peces, pero existe también numerosas especies de vertebrados, que no siendo estrictamente acuáticas viven muy ligados al ecosistema fluvial y cuyo papel ecológico no es nada desdeñable.

Estas diferentes comunidades de organismos que viven en el río utilizan y transforman incesantemente la energía que reciben (energía radiante solar, materia orgánica autóctona o alóctona), pero la forma en que ésta llega a cada tramo es diferente; ello se traduce en la aparición de diferentes comunidades con rasgos ecológicos particulares, que nos permiten reconocer diferentes sectores.

La fuente primordial de energía es la que aportan los ecosistemas terrestres adyacentes (materia orgánica alóctona: hojas, ramas, etc.). Estos materiales son degradados lentamente en forma de partículas gruesas por los organismos descomponedores (bacterias y hongos), lo que favorece su utilización por parte de pequeños invertebrados, especialmente larvas de insectos, que trituran estas partículas (desmenuzadores), acelerando su descomposición, y generando partículas de materia orgánica fina, que serán arrastradas por la corriente y que, junto con sus heces y la materia resultante de la descomposición, constituirán el alimento de los colectores. A su vez, todos ellos servirán de alimento a los predadores (distintas especies de invertebrados y peces).

Toda el agua de la naturaleza contiene organismos vivos que varían de tamaño desde las bacterias y algas microscópicas, hasta los grandes peces. Se ha encontrado que el número de especies de vida acuática en una distancia dada de un río no cambia apreciablemente con los cambios climáticos naturales del ambiente. Los cambios hechos por el hombre al contaminar el agua reducen el número de especies acuáticas. La presencia de materia orgánica en los desechos domésticos, particularmente organismos coliformes fecales (de excrementos) es peligrosa.

Afortunadamente, estos desechos orgánicos pueden ser transformados por plantas de tratamiento. El proceso de tratamiento se vale de determinados tipos de bacterias que atacan la materia orgánica.

Se descubrió hace muchos años que los factores biológicos tienen importante efecto en la calidad del agua. Estos factores trabajan en la purificación del agua en su ambiente natural. Aunque de manera natural se tienden a purificar la contaminación orgánica, no existen en suficiente cantidad en los ríos abiertos, lagos y costas como para transformar cantidades excesivas de contaminantes. Estos límites hacen que sea necesario que el hombre intervenga para ayudar en el proceso.

El Almacenaje de materia orgánica particulada fina se produce cuando al disminuir la velocidad de la corriente esta materia decanta, también las descargas domesticas contienen una gran cantidad de materia orgánica y nutrientes, que al llegar a los cuerpos receptores los eutrofican, es decir producen una sobrenutricion que contribuye al crecimiento de algas, microorganismos, plancton y animales bentónicos. Esto puede originar que todo el oxigeno del cuerpo de agua sea consumido y se produzca la anoxia, la cual implica la muerte de peces y malos olores.

La mayoría de los peces no pueden sobrevivir en agua con menos de 5 ppm (partes por millón) aunque hay algunos que viven en agua de menos de 3 ppm de oxígenos disuelto.

Las mediciones de oxígeno disuelto (OD), junto con la utilización del oxígeno, demanda bio-química (DOB), son los factores que se usan para determinar el grado de contaminación del agua.

Aunque los procesos naturales que inyectan materias disueltas o suspendidas en el agua estén prácticamente fuera del control del hombre, no cabe duda de que las descargas de desechos a los ríos y fuentes subterráneas son controlables en grado variable.

Al depositarse la materia orgánica existen organismos encargados de degradarla para que no se produzca un exceso de nutrientes en el cuerpo de agua

En otras palabras, hay suficiente oxígeno para que las bacterias actúen sobre al materia orgánica y también para soportar la vida acuática.

Al descomponerse la materia orgánica por efecto de las bacterias cae al fondo de los cuerpos de agua en forma de sedimentos. Este material suele contener todos los elementos necesarios para el crecimiento de las plantas y es también 40% humus. Ya se ha descubierto que el lodo que queda puede ser usado como abono

1.- Los sistemas fluviales dependen fuertemente de las condiciones climáticas (precipitación, escorrentía y temperatura). Los ríos siempre están en cambios por factores estacionales, relacionados con el clima del área biogeográfica donde se encuentran.

2.- La materia orgánica es aquélla que se forma a partir de elementos vivos o muertos, de plantas y animales presentes en aguas.

3.- Existen diferentes comunidades de organismos que viven en el río utilizan y transforman incesantemente la energía que reciben.

4.- La materia orgánica es fuente de energía para los organismos que la degradan

5.- El transporte de materia orgánica en suspensión en las corrientes y ríos cuando son partículas finas mantenidas en suspensión por los remolinos de la corriente y sólo se asientan cuando la velocidad de la corriente disminuye.

6.- Al descomponerse la materia orgánica por efecto de las bacterias cae al fondo de los cuerpos de agua en forma de sedimentos.

7.- Si se produce un exceso de materia orgánica se puede producir que todo el oxigeno del cuerpo de agua sea consumido y se produzca la anoxia, la cual implica la muerte de peces y malos olores.