Después de diez años, este egresado de la Escuela de Derecho volvió a Concepción como seremi de Justicia. El Aula Magna lo acogió, esta vez como conferencista en el tema de la reforma procesal para los periodistas y estudiantes de la región; a su juicio, una ocasión menos estresante que su examen de grado. Pese a los difícil de ese momento reconoce lo importante que ha sido en lo profesional y en lo personal su paso por Derecho. "Me emocionó volver después de tantos años, ir a Laguna de Los Patos, subir al campanil, acordarme de los espectáculos del teatro y música abierta, caminar por la Diagonal y por la ciudad, todo fue como retroceder 18 años y sentir como si fuera el presente". Francisco Muñoz nació en Victoria. Por la cercanía a Concepción decidió estudiar aquí siguiendo su vocación humanista y, principalmente, por el reconocido prestigio de sus abogados. Reconoce que sufrió en lo emocional cuando llegó a estudiar de una ciudad pequeña como Victoria a una industrial como Concepción. Echaba de menos hasta el color de la tierra, pero le iba bien porque estudiaba mucho y comenzó a tener amigos de otras ciudades, el "penquista de adopción" como les llama, gente muy cálida que le ayudó a acostumbrarme a la ciudad y a la carrera.

Ya titulado comenzó su carrera en Temuco al alero del estudio jurídico más importante de esa época. Durante seis años participó en causas de envergadura regional y nacional y fue invitado a un proyecto de docencia. Desde el 92 ha sido profesor en casi todas las universidades de su región, siempre de Derecho Civil. "Cuando se visualizó esta gran modificación de la reforma procesal penal, postulé al consejo del Colegio de Abogados donde saqué la segunda mayoría, el colegio me designó para ser el representante de los abogados de la región en el tema de la reforma procesal penal. A raíz de eso tuve importante actividades como videoconferencia en la embajada de Estados Unidos, conocí a la ministra Alvear, al presidente nacional del Colegios de Abogados, al presidente de la Corte Suprema"; todo un trabajo gremial en este proceso ya que el Colegio fue el precursor de la reforma en cuanto a la difusión. "Los abogados íbamos con jueces a la juntas de vecinos y hablábamos del nuevo sistema… para los vecinos era un cosa nueva porque no conocían a los jueces ni siquiera en los juzgados, el sistema antiguo es de expedientes y de actuarios, entonces ver al presidente de la Corte de Apelaciones en una junta de vecinos los impactaba, la sola presencia de ellos la valoraban mucho".

El ser invitado a trabajar en la seremi fue un tremendo desafío, siendo un cargo técnico y por sobre todo político, su trabajo fue reconocido en todo nivel por lo que no importó el no ser un político. Dando el puntapié inicial a la reforma en la Araucanía, está colaborando con los seremi de otras regiones donde el sistema está todavía en proceso. En su actual cargo lidera la Reforma Procesal que lleva ya seis meses de funcionamiento. Esta radical transformación sin duda afectará la formación de los nuevos abogados. "A raíz de estos juicios orales, las mallas curriculares van a tener que establecer criterios especializados, considerando que el número de abogados es mucho mayor y la cada vez más compleja vida de las personas, hace que las ramas del Derecho también sean mas complejas, vamos a tener entonces abogados penales o criminales especializados, abogados constitucionales especializados, abogados civiles especializados, etc".

Muñoz también mantiene una oficina privada, pero la docencia es sin duda un área que le atrae y que es clave en su actual desempeño. "Soy uno de los profesores más antiguos de Derecho Civil en la Universidad Católica de Temuco, y una de las cosas que hemos descubierto es que la gente no conoce sus derechos porque no existe una política de educación cívica actualizada para los estudiantes universitarios, las juntas de vecinos, las organizaciones sociales o los colegios profesionales, por lo tanto he tratado de focalizar mi trabajo ya sea como seremi, profesor o abogado particular en la capacitación y formación de la gente, es un feedback donde uno entrega conocimientos pero también recibe inquietudes y opiniones de la gente, y el hecho de que se vayan satisfechos es una recompensa".