Código FASTA
Una secuencia en formato FASTA inicia con una sola línea conteniendo la información de la secuencia y a continuación de esta línea sigue la secuencia, sea esta de aminoácidos o nucleótidos.
La línea informativa inicia con el símbolo > como se muestra a continuación y se recomienda que las líneas no excedan los 80 caracteres de longitud.
Para una proteína:
>ubiquitina
MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQL
EDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
Para una cadena de ADN:
>gi|2230874|emb|X99726.1|HSNDUFV31 H.sapiens NDUFV3 gene, exon
1
GAAGCTGCTGTGGCCCTGCTTGGTGCGCCCGCTGTCACCGCCATGGCTGCCCCGTGTTTGCTGAGGAAAG
GACGAGCCGGGGCGCTGAAGGTAAAGGAGGAGCCAGCTGGGCTGGGTGCG
Sí la secuencia es de nucleótidos el formato permite los siguientes símbolos:
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Símbolo |
Significado |
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A |
Adenina |
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C |
Citosina |
|
G |
Guanina |
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T |
Timina |
|
U |
Uracilo |
|
R |
Purina |
|
Y |
Pirimidina |
|
K |
G o T |
|
N |
A, C, G o T |
|
- |
Hueco |
Sí la secuencia es de aminoácidos el formato permite los siguientes símbolos:
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Símbolo |
Significado |
Símbolo |
Significado |
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A |
Alanina |
P |
Prolina |
|
B |
Asparagina |
Q |
Glutamina |
|
C |
Cisteina |
R |
Arginina |
|
D |
Ácido Aspártico |
S |
Serina |
|
E |
Ácido Glutámico |
T |
Treonina |
|
F |
Fenilalanina |
U |
Selenocysteina |
|
G |
Glicina |
V |
Valina |
|
H |
Histidina |
W |
Triptófano |
|
I |
Isoleucina |
Y |
Tirosina |
|
K |
Lisina |
Z |
Ácido Glutámico |
|
L |
Leucina |
M |
Metionina |
|
N |
Asparagina |
* |
Fin de la traducción |
|
- |
gap de longitud indeterminada | ||
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