Las cobayas de pelo largo (pudiendo alcanzar los 40 cm de largo o más), necesitan ser bañados en más ocasiones que los de pelo corto, pero sin asiduidad, ya que de lo contrario pierden la protección natural de su pelaje. Conviene lavarlos (normalmente cuando empiezan a oler mal), con mucho cuidado de que no les entre agua o jabón en los oídos, ojos, nariz o boca, ya que pueden producirles infecciones o irritaciones. El baño se puede realizar en un barreño, o la pila de la cocina o lavabo, con dos dedos de agua tibia. Es conveniente usar un champú suave de bebés o alguno especifico para gatos o cobayas, últimamente he visto en algunas tiendas, toda una línea de desodorantes, champús, anti piojos de la marca NOVOPET para cobayas. También hay champús de lavado en seco. Para el cepillado diario de la cobaya se puede usar un cepillo de metal suave, esto hará que elimine el pelo suelto y enredos, disminuyendo la caída de pelo. Es necesario un corte de uñas mensual, o cuando veas que las uñas de tu cobaya empiezan a doblarse excesivamente, ya que puede crear deformaciones de las mismas, con el consiguiente perjuicio de no poder caminar bien. Las uñas tienen una zona "viva" en su interior, que no se debe cortar, puesto que sangraría. Puedes ayudarte de una luz posicionada detrás de la uña para localizar esta zona. Si por error cortases esta zona usa un lápiz hemostático para detener la hemorragia, o producto de similares características. Utiliza para el corte de uñas unas tijeras para cortar las uñas de los gatos y procura tener a la cobaya totalmente inmovilizada durante el proceso.