El Programa de Doctorado en Ciencias Biológicas área Botánica es uno de los Programas en esta área con más tradición en el país. Desde su creación (1992) ha sido acreditado por la CONAP; actualmente se encuentra acreditado por 6 años, hasta mayo del 2011.

Su principal fortaleza es la calidad de su cuerpo docente y su gran desarrollo en Sistemática y Taxonomía, Ecología, Fisiología Vegetal y Química de Productos Naturales. Estas fortalezas están plenamente reflejadas en el plan de cursos, que complementan la formación de los estudiantes, y en indicadores tales como número de publicaciones/año y proyectos adjudicados y en ejecución por área de investigación.

La infraestructura ha mejorado sustancialmente con la adjudicación de proyectos Mecesup [sala para estudiantes con acceso a computadores y red de Internet, conformación de un centro de equipamiento para el estudio de la fotosíntesis (IRGAS, Cámaras de cultivos, Fluorímetros etc)] y de la Fundación Andes (habilitación e instrumentación para Laboratorio de Sistemática Molecular).

Asimismo estos proyectos han permitido el perfeccionamiento de académicos jóvenes así como estadías de investigación de nuestros estudiantes en el extranjero. Recientemente, se han establecido convenios de interacción científica y académica con universidades extranjeras.

Además, el proyecto Mecesup UCO0708 recientemente adjudicado (2009-2011) para internacionalizar nuestro Programa permitirá ofrecer beneficios de becas adicionales a CONICYT para realizar estudios de doctorado, y para nuestros estudiantes tesistas, pasantías cortas (3 meses) y largas (10 meses). Estas últimas de co-tutoría con investigadores extranjeros de las universidades suscritas al convenio.

Este conjunto de atributos ha consolidado a este Programa a nivel nacional, y a partir del año 2009 se da inicio formal a su internacionalización. Desde su inicio en el año 1992 se han graduado 17 doctores, todos insertos en Instituciones de Educación Superior y/o Institutos de Investigación.